Finale 2. sezone te čitava treća sezona je obilježena najkompleksnijom radnjom u Zvjezdanim stazama od Dominijskog rata. Kako je gledanost Enterprisea polako padala, trebalo je smisliti novu priču koja će pucati od originalnosti, a isto tako biti vrlo povezana, od samog početka do kraja.


Lansiranje prototipa

Sonda nepoznatog podrijetla se pojavljuje niotkud i lansira moćno oružje na Zemlju, koja stvara kanal od Floride do obale Kolumbije. Enterprise je pozvan na Zemlju, dok Trip saznaje da mu je u napadu poginula sestra blizanka... Reed mu pokušava pomoći, ali on odbija bilo čiju pomoć. Enterprise na putu prema Zemlji presretnu Sulibani koji vode Archera ka nepoznatoj osobi iz budućnosti. On mu objašnjava da su Zemlju napali Xindiij, koji znaju da će Zemljani uništiti njihov svijet za 400 godina.

Nakon dolaska na Zemlju, Archer zatraži da povede Enterprise na koordinate koje mu je osoba budućnosti dala. Ambasador Soval mu objasni da se te koordinate nalaze duboko u Prostranstvu, velikom području u koje su mnogi brodovi ušli, ali nijedan se nije vratio. Također su dobili prijave o neobjašnjivim pojavama, koje su jednom prilikom posadu jednog klingonskog broda anatomski izvrnule.

Archer svejedno zatraži dopuštenje, ako ima i najmanja šansa da ta vrsta planira uništiti Zemlju. Također im da dokaz u obliku objekta koji je donesen iz budućnosti. Nakon što su vidjeli dokaz, Zvjezdana flota dopušta Enterpriseu odlazak u Prostranstvo. No prije odlaska, brod je nadograđen fotoničnim torpedima, poboljšanim oklopom te poboljšanim astrometrijskim senzorima. Osim toga, na Enterprise je dodijeljen tim specijalaca, koji su se specijalizirali za borbene operacije, a zovu se MACO (Military Assault COmmand).

Soval zatraži od T'Pol da ona ne sudjeluje u toj misiji, te da se odmah vrati na Vulkan. Međutim, T'Pol odluči "dati otkaz" Vulkanskom visokom vijeću te ostati na Enterpriseu.

 
Rajiin

Nakon 6 tjedana putovanja Enterprise dolazi u Prostranstvo. Međutim, ispočetka ništa ne nalaze dok ne susretnu kapetana teretnjaka koji je davno prevozio jednog Xindija. Odluče posjetiti koloniju u koju je taj Xindi dovezen. Uz novčanu nadoknadu, Archer uspije razgovarati nakratko sa Xindi-Primatom prije nego što shvati da je zarobljen u radničkom kompleksu. Xindi mu obeća da će mu dati koordinate njihovog matičnog planeta ako ga Archer spasi iz kompleksa. Tijekom akcije spašavanja u kojoj su sudjelovali MACO-si, Xindi je ubijen, no prije smrti daje Archeru koordinate.

On odlazi sa Enterpriseom na zadane koordinate gdje pronalazi ostatke planeta, za koji se pokazalo da je Xindus. Archer odluči nastaviti potragu dublje u Prostranstvu. Počnu se približavati polju anomalija koje onesposobe određene Enterpriseove sustave uključujući i warp pogon. Enterprise napadnu pljačkaši, no uspijevaju im se oduprijeti. Prolazeći dalje kroz polje anomalija, naiđu slučajno na oštećenu sferu. Pomoću podataka iz nje uspiju rekonstruirati neke smjerove te shvatiti zašto je Prostranstvo prepuno anomalija. Također saznaju da se od njih mogu zaštititi pomoću tvari koja se zove Trellium-D.

Nakon nekog vremena prolaska kroz Prostranstvo, nađu planet na kojem mogu nabaviti formulu kojom mogu sintetizirati Trellium-D. Međutim, sintetiziranje premašuje njihove tehničke mogućnosti. Usput i pokupe ropkinju po imenu Rajiin. Nju su unajmili Xindi-Reptilliani da prikupi informacije o ljudima, potrebne za izgradnju oružja. Koristeći svoje telepatske sposobnosti, ubrzo izvuče te informacije od Archera. Enterprise napadaju Xindi-Insectoidi i Reptilliani koji uspiju oteti Rajiin te izvući informacije o ljudima.

Nedugo nakon tog incidenta, Enterprise nailazi na poziv upomoć od Vulkanaca, koji su zaglavili u asteroidnom polju koji je bogat Trelliumom-D. Svi pokušaji da se jave brodu propadaju. T'Pol saznaje da se radi o brodu Suleya, na kojem je ona prethodno služila. Na brodu susreću "zombie Vulkance" koji im zatvore izlaz. Dok su pokušali izaći iz broda T'Pol se počne čudno ponašati, da bi na kraju potpuno izgubila kontrolu nad svojim emocijama. Uz velike napore uspiju se izvući, a T'Pol uspije biti izliječena. Detaljnom analizom otkriju da su Vulkanci izgubili kontrolu nad emocijama upravo zbog Trelliuma-D. Ne želeći riskirati život svog časnika, Archer odustaje od primjene prikupljenog Trelliuma-D na Enterprise.

Pošiljka

Telepat kontaktira Hoshi otkrivajući joj da može pomoći Enterpriseu u pronalasku oružja, ali za cijenu - da Hoshi ostane kod njega. Prije nekoliko stoljeća, protjeran je na osamljeni planet da tamo provede čitavu vječnost. Archer zatraži od Hoshi da dobro razmisli, iako nije htio riskirati život svoje časnice, da bi pronašao oružje. Međutim, nakon dolaska u njegov dvorac, Hoshi pronalazi uređaj koji je on koristio da kontaktira nju. Hoshi zaprijeti da će ga uništiti ako mu ne da koordinate. Telepat ožalošćen, daje Hoshi koordinate Xindi-Arboreal kolonije koje je pronašao.

Jedan od inženjera koji su sudjelovali u izgradnji oružja - Degra, obavještava druge Xindije da treba zadnju pošiljku kemocita prije nego što uspije završiti prototip. Ako je test uspješan, oružje može biti lansirano kroz par tjedana. Archer odmah sa Enterpriseom kreće prema koloniji da presretne pošiljku kemocita. Otkriva da nemaju svi Xindi veliku želju za lansiranjem oružja. Nalazi saveznika u Greliku (Xindi-Arboreal) koji odluči sabotirati pošiljku kemocita tako da Enterprise može pratiti signal.

Ipak par tjedana poslije Enterprise otkriva da je pratio krivi signal, no pošiljka kemocita je uspješno sabotirana, što je značilo da prototip neće raditi ispravno. Grelik je Enterpriseu kupio malo vremena...

 
Bitka kod Ceti Alphe V [alternativni vremenski pravac]

Archer se budi iz sna. Stražar koji je postavljen pokraj njegove kabine, zabranjuje njegov izlazak govoreći da je kapetanica zabranila Archeru izlazak iz kabine. Međutim Archer uspije nadvladati stražara te dođe do mosta gdje vidi šokantan prizor kako Xindi oružje uništava Zemlju.

12 godina kasnije, Archer se budi u kući, dok T'Pol servira doručak. Ona mu objašnjava da je danas vrlo važan dan i da ima dosta toga ispričati. U sadašnjem Enterpriseu (dakle 12 godina prije), Archer je sa T'Pol odlazio na filmsku večer, međutim anomalija je pogodila brod, a Archer je ozlijeđen pokušavajući spasiti T'Pol.

Nekoliko dana poslije Phlox mu govori da je nesreća ostavila parazite u njegovom mozgu te nije u mogućnosti formirati dugotrajno pamćenje i da sve nakon nesreće zaboravlja u brzom roku. Svi Phloxovi tretmani nisu dali nikakvog uspjeha. Trip i T'Pol su davali sve od sebe da mu upotpune praznine, no Archer je rekao da je to samo gubljenje vremena. T'Pol dobiva poruku od Zvjezdane flote, da ju imenuje kapetanom Enterprisea.

Opet 12 godina u budućnosti, T'Pol izvještava Archera da parazite nije bilo moguće ukloniti jer su bili izvan normalnog prostor-vremena. Zatim mu kaže da misija nakon što je T'Pol postala kapetan nije krenula dobro. Nakon nekoliko mjeseci potrage, otkrili su gdje je oružje konstruirano... No Xindi su znali da im je Enterprise za vratom. Zato su poslali dva broda, koji su ozbiljno osakatili Enterprise (te ubili Travisa) smanjivši šanse za borbu protiv oružja.

Nakon uništenja Zemlje, Enterprise je predvodio jedan od konvoja koji su prevozili preživjele koloniste na Ceti Alpha V. Samo je taj konvoj stigao na odredište dok su ostale Xindi uništili. Iskoristili su materijale sa Enterprisea da naprave stanište.

Phlox se vratio na denobulanski matični planet da otkrije detaljnije lijek za Archera. Međutim, nije znao da su ga Xindi motrili te da je svojim dolaskom na Ceti Alpha V, otkrio gdje se nalazi posljednje uporište ljudi. Phlox objašnjava Archeru i T'Pol da je pronašao lijek, nakon desetljeća istraživanja, te da se moraju požuriti sa njegovom primjenom. Za primjenu lijeka je potrebna velika energija koju jedino može proizvesti Enterpriseova warp jezgra.

Archer i T'Pol su odvezeni na Enterprise gdje je Archer vidio skoro sve stare članove svoje posade. Trip je postao kapetan Enterprisea, a Reed je nedavno promaknut u kapetana Intrepida.

Prvi Phloxov tretman je dao zanimljive rezultate. Naime nakon što je uklonjen dio parazita, pokazalo se da su oni nestali i iz svih prijašnjih Phloxovih skeniranja. Što znači da ako uklone sve parazite da se čitav ovaj ishod sukoba možda neće dogoditi.

Međutim, Xindi su otkrili lokaciju ljudskog uporišta, te su poslali 6 brodova da potpuno istrijebe čovječanstvo. Trip govori Phloxu da ne mogu nastaviti tretman jer im je potrebna energija za borbene sustave. Phlox mu objašnjava da ako završi tretman da se uopće neće ni trebati boriti, a i T'Pol mu objašnjava da su male šanse da pobjede Xindije. Trip svejedno kaže da se energija preusmjeri u borbene sustave.

Dolazi 6 Xindi-Reptilianskih brodova, koji ubrzo slome otpor ljudi, a čitav most Enterprisea je raznesen. Phlox tada govori Archeru da je moguće uništiti parazite ako izazove potprostornu imploziju warp jezgre. Odlaze u strojarnicu gdje ih napadnu Xindi, te ubiju Phloxa i T'Pol. Uz krajnje napore Archer aktivira imploziju jezgre te čitav Enterprise eksplodira. Archer se budi u krevetu gdje ga Phlox izvještava da je sve u redu, ali bi ga zadržao još ovu noć zbog promatranja.

 Razvoj bio-oružja [prošlost]

Daniels dolazi Archeru govoreći da su pronašli nekoliko Xindi-Reptilliana u 2004. u Detroitu i treba njihovu pomoć. Archerova misija je locirati Xindije i uništiti bio-oružje koje su radili u prošlosti. T'Pol i Archer pronalaze pogodan auto koji "posuđuju". Trag ih vodi do osobe koja je otimala prostitutke za eksperimente sa nepoznatim osobama.

Nakon što je uzeo jednu osobu, Archer i T'Pol ga slijede do garaže u kojoj je on ostavljao žene. Ubrzo shvati da su oni iz budućnosti kada je vidio njihovu naprednu tehnologiju, no prije nego što je poduzeo išta, T'Pol ga zarobi. Reptiliani su skoro završili oružje te su spremni za ispuštanje. No Archer otkriva gdje planiraju reptiliani detonirati oružje te ih presreće. U posljednji trenutak oružje je spašeno te odvezeno na Enterprise zajedno sa Xindi-Reptillianima koji su radili to oružje.

Azati prime

Tri tjedna nakon što su uz pomoć Degre otkrili gdje se gradi glavno oružje, Enterprise dolazi u sustav koji ima oznaku Azati te se sakriva u orbiti planetoida i uspijeva otkriti mrežu za detektiranje neautoriziranih brodova.

Degra izvještava da je glavno oružje skoro pa gotovo, no Xindi-Reptillian ne želi čestitati Degri sve dok ljudi nisu u potpunosti istrijebljeni. Archer tada objasni da mogu izbjeći detekciju ako upotrijebe Xindi-Insectoidni šatl koji su uzeli prije tjedan dana. Međutim, treba vremena da Trip i Travis shvate kako upravljati šatlom. Za to vrijeme Hoshi podešava Xindi-Insectoidnu bazu podataka, kako bi se mogla instalirati u šatl, te omogućiti Tripu i Travisu da govore insektoidni jezik. Nakon što su Trip i Travis otišli da skeniraju gdje se nalazi oružje, Enterprise otkriva malu stanicu koja skenira Enterprise. Prije nego uspije išta poslati, Enterprise uništava stanicu.

Trip i Travis pronalaze oružje ispod vode na planetu te rade detaljno skeniranje. Dolaze sa viješću da je oružje skoro pa gotovo, te da je većina posla vezana uz čišćenje. Reed pronalazi matricu eksploziva koju je moguće uništiti sa par fotoničnih torpeda, no to bi bilo jednosmjerno putovanje.

Archer odlučuje da će on ići uništiti oružje. Međutim dospije na Enterprise-J koji je daleki nasljednik njegovog Enterprisea. Tamo mu Daniels govori da ne smije on poginuti jer će inače Xindi izgraditi novo oružje, a tada ih nitko neće spriječiti. Jedini način je da se pokuša mirno dogovoriti o rastavljanju oružja. Archer mu govori da to nije moguće na što mu Daniels govori kako Xindi služe na budućem Enterpriseu, te mu daje medaljon koji to potvrđuje.

Archer ipak odluči krenuti na misiju. T'Pol ga pokušava odgovoriti od toga, jer je zabrinuta za njega. No Archer ipak odluči nastaviti sa misijom. Reptiliani otkrivaju da je jedna njihova stanica uništena te odluče skenirati okolinu. Tamo pronalaze Enterprise. Archer odlazi uništiti oružje, no presreću ga dva Xindi-Aquatics broda, koja traže objašnjenje što šatl radi tako blizu oružja. Archer im ne odgovara pa onesposobe šatl i zarobe Archera.

Enterprise napadne nekoliko Xindi brodova, a za to vrijeme Archer pokušava objasniti Xindi-Humanoidima i Arborealima da nisu Zemljani ti koji će uništiti Xindije nego bića koja su izgradila sfere. Degra je ispočetka skeptičan, no ipak ga odluči saslušati. Zatim dolazi zapovjednik Dolum (vođa Xindi-Reptilliana) koji kaže Archeru da je Enterprise napadnut te da će on biti odvezen u ispitivački centar gdje će mu se pridružiti preživjeli sa njegovog broda.

Enterprise nespreman prima veliku štetu od Xindi flote. Degra odluči prihvatiti Archerovo viđenje te zapovjedi floti da prestane pucati, a da Archera vrate na Enterprise. Zapovjednik Dolum nevoljko prihvaća. Oružje je zatim premješteno na sigurnu lokaciju.

Suočavanje sa vijećem

Uz pomoć dokaza koje su prikupili tijekom svoje misije u Prostranstvu, Archer uspije uvjeriti Xindi-Primate i Arboreale da je točno ono što im je rekao da će se dogoditi. Degra je bio prisiljen tijekom pregovora sa Archerom uništiti Xindi-Reptillianski brod dokazujući tako svoju lojalnost Archeru. No da bi uspio spriječiti lansiranje oružja, mora uvjeriti Vijeće koristeći dokaze. Degra mu objašnjava kakvi su članovi Vijeća da bi ih mogao bolje "obraditi".

Reptiliani otkrivaju brod koji je Degra uništio prije nekoliko dana te nakon analize shvate da je brod napadnut. Zatim se počne približavati flota od 6 brodova, s tim da je jedan od njih Enterprise. Dolum pokušava spriječiti dolazak Enterprisea pred vijeće no nadjačan ne uspijeva. Archer i Hoshi stoje pred Vijećem prezentirajući dokaze da nisu oni ti koji će uništiti Xindije. Međutim ni Insectoidi ni Reptilliani mu ne vjeruju, a Aquaticsi su suzdržani. Degra govori Archeru da Vijeće nikad nije bilo pred samim rasulom kao sada. Na to, Archer kaže da zaborave Reptilliane i Insectoide i koncentriraju se na Aquaticse.

Degra kaže da postoji način da uvjeri neke članove, ali treba pomoć od Phloxa. Degra napravi holografski prikaz tuđinca iz transdimenzionalne anomalije (kojeg su pronašli prije mjesec dana). Uz pomoć holograma uvjeri Reptilliane da će transdimenzionalna bića uništiti Xindije. Ono što Degra ne zna jest da Reptilliani surađuju sa bićima, te su prihvatili Degrino objašnjenje samo da ih skrenu od otimanja oružja u ruke Reptiliana.

Zapovjednik Dolum otkriva da je Degra uništio reptilianski brod te dolazi kod Degre i ubija ga. Drugi Xindi-Primat obavještava Archera da Enterprise nije ovdje više siguran te da će sigurno biti napadnut. Reptilliani objavljuju da oni izlaze iz Vijeća, da su oteli oružje i da će ga lansirati. Na to mu Xindi-Primat odgovara kako ne može lansirati oružje bez tri koda trojice članova Vijeća.

Enterprise napadne nekoliko Xindi-Insectoidnih i Reptillianskih brodova zajedno sa oružjem. Unatoč podršci od Humanoida i Arboreala, Reptiliani uspiju pobjeći zajedno sa Insectoidima te oružjem. Osim toga uspiju oteti Hoshi koja im je potrebna za dekriptiranje treće šifre za lansiranje oružja.

Archer za to vrijeme pokušava uvjeriti Aquaticse da im se pridruže. Nakon što saznaju način za uništenje sfera, Aquaticsi im se pridruže, pod uvjetom da se ljudi drže svog obećanja. Humanoidi i Arboreali uspiju pronaći gdje su Reptiliani "odsjeli" da naoružaju svoje oružje. Unatoč opiranju od Hoshi, te pokušaju samoubojstva, Reptiliani uspiju saznati treću šifru potrebnu za lansiranje oružja.

Međutim, presretne ih združena flota od Xindi-Humanoida, Arboreala, Aquaticsa i Enterprisea. Enterprise izlazi iz Aquaticsovog Dreadnaughta te započinje paljbu prema oružju. Dok je jedan odred Reptiliana ostao da brani oružje drugi napadaju Enterprise i ostatak flote. No nadjačani snagom Aquaticsovog Dreadnaughta ne mogu ništa napraviti Enterpriseu. Enterprise počne pucati prema primarnim generatorima energije te polako uništavati oružje. Oružje se i dalje naoružava. T'Pol pronalazi Hoshi na jednom reptilianskom brodu, te Archer šalje MACOse da ju spase.

Transdimenzionalna bića shvate tada da njihov plan neće uspjeti te se odluče umiješati. Stvore polje anomalija koje ogradi Enterprise i ostale brodove od oružja. Za vrijeme spašavanja Major Hayes (vođa MACOsa) bude pogođen, no rane su preteške da bi Phlox uspio bilo što napraviti. Anomalije uništavaju veliki dio flote uključujući i Aquaticsov Dreadnaught.

Oružje je naoružano te je spremno za lansiranje. 1 insektoidni i 1 reptilianski brod uspiju zajedno sa oružjem otići u Vrtlog koji je usmjeren prema Zemlji. Oružju će trebati do Zemlje 10 sati. No Insektoidi shvate da su bili manipulirani (zbog stvorenih anomalija). Prije nego išta uspiju napraviti, zapovjednik Dolum naredi njihovo uništenje. Archer tada shvati da jedino oružje mogu uništiti iznutra i to koristeći Hoshi. Xindi podsjete Archera da su im se Aquaticsi pridružili samo zato što su obećali uništiti sfere. T'Pol ima plan za uništenje. Archer zajedno sa Reedom, Hoshi i skupinom MACOsa odlazi na Degrin brod koji je sposoban prestići oružje. Enterprise odlazi prema kontrolnoj sferi koju treba uništiti.



Bitka za Zemlju

Dok se približavaju prema Zemlji, Reptiliani slave što će nakon istrebljenja čovječanstva postati dominantna Xindi vrsta. Xindi-Arboreal (Sloth) pokušava dekriptirati Degrine sheme oružja, no bez uspjeha. Tada shvate da je jedini način da uspiju dekriptirati sheme drogirana Hoshi. Uz određene napore Hoshi uspije pomoći u formuliranju plana, no Degrin brod ubrzo sustiže oružje. Daniels opet dolazi Archeru prikazujući mu osnutak Federacije te da to neće biti moguće ako on ode uništiti oružje te tako riskira pogibiju. No Archer ipak odluči uništiti oružje, ne slušajući Danielsa.

Nadomak Zemlje izlazi reptilianski brod sa oružjem te uništava znanstvenu stanicu. Dok se oružje priprema za lansiranje, Shr'anov brod izlazi iz warpa i javlja Archeru da će zadržavati reptilianski brod dok on ne dospije unutar oružja.

Dok Shr'an odvlači reptiliane od oružja, Archer i njegov tim dolaze u oružje te uspiju srediti reptiliane u oružju uz minimalne grupe. Shr'an koncentrira paljbu na jedan dio reptilianskog broda sve dok ovaj ne uspije probiti štitove. U zadnji trenutak prije uništenja, Dolum uspije se teleportirati u oružje. No pokrenuto je samouništenje oružja. Nakon domišljate taktike, Archer uz pomoć eksploziva raznese Doluma, no Degrin brod ga ne uspije teleportirati prije nego što oružje eksplodira. Zemlja je spašena. Degrin brod se vraća na određene koordinate gdje je Enterprise. Uz pomoć Aquaticsovog broda Enterprise je dovezen na Zemlju. No svi pokušaji da se javi Enterprise javi Stožeru, nisu dali uspjeha. Također su i nestale sve poznate kolonije. T'Pol šalje Tripa i Travisa da se spuste sa šatlom do Stožera i da saznaju što se dogodilo. No zatim počnu na njih pucati nacistički avioni te shvate o čemu se radi. Archer se nalazi u logoru gdje dolazi nepoznati vanzemaljac u nacističkoj uniformi.