
08.12.2007.
Xindijska prijetnja
Finale 2. sezone te čitava treća sezona je obilježena najkompleksnijom radnjom u Zvjezdanim stazama od Dominijskog rata. Kako je gledanost Enterprisea polako padala, trebalo je smisliti novu priču koja će pucati od originalnosti, a isto tako biti vrlo povezana, od samog početka do kraja.
Sonda nepoznatog podrijetla se pojavljuje niotkud i lansira moćno oružje na Zemlju, koja stvara kanal od Floride do obale Kolumbije.
Nakon dolaska na Zemlju, Archer zatraži da povede
Archer svejedno zatraži dopuštenje, ako ima i najmanja šansa da ta vrsta planira uništiti Zemlju. Također im da dokaz u obliku objekta koji je donesen iz budućnosti. Nakon što su vidjeli dokaz, Zvjezdana flota dopušta Enterpriseu odlazak u Prostranstvo. No prije odlaska, brod je nadograđen fotoničnim torpedima, poboljšanim oklopom te poboljšanim astrometrijskim senzorima. Osim toga, na
Soval zatraži od T'Pol da ona ne sudjeluje u toj misiji, te da se odmah vrati na Vulkan. Međutim, T'Pol odluči "dati otkaz" Vulkanskom visokom vijeću te ostati na Enterpriseu.
Nakon 6 tjedana putovanja
On odlazi sa Enterpriseom na zadane koordinate gdje pronalazi ostatke planeta, za koji se pokazalo da je Xindus. Archer odluči nastaviti potragu dublje u Prostranstvu. Počnu se približavati polju anomalija koje onesposobe određene Enterpriseove sustave uključujući i warp pogon.
Nakon nekog vremena prolaska kroz Prostranstvo, nađu planet na kojem mogu nabaviti formulu kojom mogu sintetizirati Trellium-D. Međutim, sintetiziranje premašuje njihove tehničke mogućnosti. Usput i pokupe ropkinju po imenu Rajiin. Nju su unajmili Xindi-Reptilliani da prikupi informacije o ljudima, potrebne za izgradnju oružja. Koristeći svoje telepatske sposobnosti, ubrzo izvuče te informacije od Archera.
Nedugo nakon tog incidenta,
Telepat kontaktira Hoshi otkrivajući joj da može pomoći Enterpriseu u pronalasku oružja, ali za cijenu - da Hoshi ostane kod njega. Prije nekoliko stoljeća, protjeran je na osamljeni planet da tamo provede čitavu vječnost. Archer zatraži od Hoshi da dobro razmisli, iako nije htio riskirati život svoje časnice, da bi pronašao oružje. Međutim, nakon dolaska u njegov dvorac, Hoshi pronalazi uređaj koji je on koristio da kontaktira nju. Hoshi zaprijeti da će ga uništiti ako mu ne da koordinate. Telepat ožalošćen, daje Hoshi koordinate Xindi-Arboreal kolonije koje je pronašao.
Jedan od inženjera koji su sudjelovali u izgradnji oružja - Degra, obavještava druge Xindije da treba zadnju pošiljku kemocita prije nego što uspije završiti prototip. Ako je test uspješan, oružje može biti lansirano kroz par tjedana. Archer odmah sa Enterpriseom kreće prema koloniji da presretne pošiljku kemocita. Otkriva da nemaju svi Xindi veliku želju za lansiranjem oružja. Nalazi saveznika u Greliku (Xindi-Arboreal) koji odluči sabotirati pošiljku kemocita tako da
Ipak par tjedana poslije
Archer se budi iz sna. Stražar koji je postavljen pokraj njegove kabine, zabranjuje njegov izlazak govoreći da je kapetanica zabranila Archeru izlazak iz kabine. Međutim Archer uspije nadvladati stražara te dođe do mosta gdje vidi šokantan prizor kako Xindi oružje uništava Zemlju.
12 godina kasnije, Archer se budi u kući, dok T'Pol servira doručak. Ona mu objašnjava da je danas vrlo važan dan i da ima dosta toga ispričati. U sadašnjem Enterpriseu (dakle 12 godina prije), Archer je sa T'Pol odlazio na filmsku večer, međutim anomalija je pogodila brod, a Archer je ozlijeđen pokušavajući spasiti T'Pol.
Nekoliko dana poslije Phlox mu govori da je nesreća ostavila parazite u njegovom mozgu te nije u mogućnosti formirati dugotrajno pamćenje i da sve nakon nesreće zaboravlja u brzom roku. Svi Phloxovi tretmani nisu dali nikakvog uspjeha. Trip i T'Pol su davali sve od sebe da mu upotpune praznine, no Archer je rekao da je to samo gubljenje vremena. T'Pol dobiva poruku od Zvjezdane flote, da ju imenuje kapetanom Enterprisea.
Opet 12 godina u budućnosti, T'Pol izvještava Archera da parazite nije bilo moguće ukloniti jer su bili izvan normalnog prostor-vremena. Zatim mu kaže da misija nakon što je T'Pol postala kapetan nije krenula dobro. Nakon nekoliko mjeseci potrage, otkrili su gdje je oružje konstruirano... No Xindi su znali da im je
Nakon uništenja Zemlje,
Phlox se vratio na denobulanski matični planet da otkrije detaljnije lijek za Archera. Međutim, nije znao da su ga Xindi motrili te da je svojim dolaskom na Ceti Alpha V, otkrio gdje se nalazi posljednje uporište ljudi. Phlox objašnjava Archeru i T'Pol da je pronašao lijek, nakon desetljeća istraživanja, te da se moraju požuriti sa njegovom primjenom. Za primjenu lijeka je potrebna velika energija koju jedino može proizvesti Enterpriseova warp jezgra.
Archer i T'Pol su odvezeni na
Prvi Phloxov tretman je dao zanimljive rezultate. Naime nakon što je uklonjen dio parazita, pokazalo se da su oni nestali i iz svih prijašnjih Phloxovih skeniranja. Što znači da ako uklone sve parazite da se čitav ovaj ishod sukoba možda neće dogoditi.
Međutim, Xindi su otkrili lokaciju ljudskog uporišta, te su poslali 6 brodova da potpuno istrijebe čovječanstvo. Trip govori Phloxu da ne mogu nastaviti tretman jer im je potrebna energija za borbene sustave. Phlox mu objašnjava da ako završi tretman da se uopće neće ni trebati boriti, a i T'Pol mu objašnjava da su male šanse da pobjede Xindije. Trip svejedno kaže da se energija preusmjeri u borbene sustave.
Dolazi 6 Xindi-Reptilianskih brodova, koji ubrzo slome otpor ljudi, a čitav most Enterprisea je raznesen. Phlox tada govori Archeru da je moguće uništiti parazite ako izazove potprostornu imploziju warp jezgre. Odlaze u strojarnicu gdje ih napadnu Xindi, te ubiju Phloxa i T'Pol. Uz krajnje napore Archer aktivira imploziju jezgre te čitav
Daniels dolazi Archeru govoreći da su pronašli nekoliko Xindi-Reptilliana u 2004. u Detroitu i treba njihovu pomoć. Archerova misija je locirati Xindije i uništiti bio-oružje koje su radili u prošlosti. T'Pol i Archer pronalaze pogodan auto koji "posuđuju". Trag ih vodi do osobe koja je otimala prostitutke za eksperimente sa nepoznatim osobama.
Nakon što je uzeo jednu osobu, Archer i T'Pol ga slijede do garaže u kojoj je on ostavljao žene. Ubrzo shvati da su oni iz budućnosti kada je vidio njihovu naprednu tehnologiju, no prije nego što je poduzeo išta, T'Pol ga zarobi. Reptiliani su skoro završili oružje te su spremni za ispuštanje. No Archer otkriva gdje planiraju reptiliani detonirati oružje te ih presreće. U posljednji trenutak oružje je spašeno te odvezeno na
Tri tjedna nakon što su uz pomoć Degre otkrili gdje se gradi glavno oružje,
Degra izvještava da je glavno oružje skoro pa gotovo, no Xindi-Reptillian ne želi čestitati Degri sve dok ljudi nisu u potpunosti istrijebljeni. Archer tada objasni da mogu izbjeći detekciju ako upotrijebe Xindi-Insectoidni šatl koji su uzeli prije tjedan dana. Međutim, treba vremena da Trip i Travis shvate kako upravljati šatlom. Za to vrijeme Hoshi podešava Xindi-Insectoidnu bazu podataka, kako bi se mogla instalirati u šatl, te omogućiti Tripu i Travisu da govore insektoidni jezik. Nakon što su Trip i Travis otišli da skeniraju gdje se nalazi oružje,
Trip i Travis pronalaze oružje ispod vode na planetu te rade detaljno skeniranje. Dolaze sa viješću da je oružje skoro pa gotovo, te da je većina posla vezana uz čišćenje. Reed pronalazi matricu eksploziva koju je moguće uništiti sa par fotoničnih torpeda, no to bi bilo jednosmjerno putovanje.
Archer odlučuje da će on ići uništiti oružje. Međutim dospije na Enterprise-J koji je daleki nasljednik njegovog Enterprisea. Tamo mu Daniels govori da ne smije on poginuti jer će inače Xindi izgraditi novo oružje, a tada ih nitko neće spriječiti. Jedini način je da se pokuša mirno dogovoriti o rastavljanju oružja. Archer mu govori da to nije moguće na što mu Daniels govori kako Xindi služe na budućem Enterpriseu, te mu daje medaljon koji to potvrđuje.
Archer ipak odluči krenuti na misiju. T'Pol ga pokušava odgovoriti od toga, jer je zabrinuta za njega. No Archer ipak odluči nastaviti sa misijom. Reptiliani otkrivaju da je jedna njihova stanica uništena te odluče skenirati okolinu. Tamo pronalaze
Suočavanje sa vijećem
Uz pomoć dokaza koje su prikupili tijekom svoje misije u Prostranstvu, Archer uspije uvjeriti Xindi-Primate i Arboreale da je točno ono što im je rekao da će se dogoditi. Degra je bio prisiljen tijekom pregovora sa Archerom uništiti Xindi-Reptillianski brod dokazujući tako svoju lojalnost Archeru. No da bi uspio spriječiti lansiranje oružja, mora uvjeriti Vijeće koristeći dokaze. Degra mu objašnjava kakvi su članovi Vijeća da bi ih mogao bolje "obraditi".
Reptiliani otkrivaju brod koji je Degra uništio prije nekoliko dana te nakon analize shvate da je brod napadnut. Zatim se počne približavati flota od 6 brodova, s tim da je jedan od njih
Degra kaže da postoji način da uvjeri neke članove, ali treba pomoć od Phloxa. Degra napravi holografski prikaz tuđinca iz transdimenzionalne anomalije (kojeg su pronašli prije mjesec dana). Uz pomoć holograma uvjeri Reptilliane da će transdimenzionalna bića uništiti Xindije. Ono što Degra ne zna jest da Reptilliani surađuju sa bićima, te su prihvatili Degrino objašnjenje samo da ih skrenu od otimanja oružja u ruke Reptiliana.
Zapovjednik Dolum otkriva da je Degra uništio reptilianski brod te dolazi kod Degre i ubija ga. Drugi Xindi-Primat obavještava Archera da
Archer za to vrijeme pokušava uvjeriti Aquaticse da im se pridruže. Nakon što saznaju način za uništenje sfera, Aquaticsi im se pridruže, pod uvjetom da se ljudi drže svog obećanja. Humanoidi i Arboreali uspiju pronaći gdje su Reptiliani "odsjeli" da naoružaju svoje oružje. Unatoč opiranju od Hoshi, te pokušaju samoubojstva, Reptiliani uspiju saznati treću šifru potrebnu za lansiranje oružja.
Međutim, presretne ih združena flota od Xindi-Humanoida, Arboreala, Aquaticsa i Enterprisea.
Transdimenzionalna bića shvate tada da njihov plan neće uspjeti te se odluče umiješati. Stvore polje anomalija koje ogradi
Oružje je naoružano te je spremno za lansiranje. 1 insektoidni i 1 reptilianski brod uspiju zajedno sa oružjem otići u Vrtlog koji je usmjeren prema Zemlji. Oružju će trebati do Zemlje 10 sati. No Insektoidi shvate da su bili manipulirani (zbog stvorenih anomalija). Prije nego išta uspiju napraviti, zapovjednik Dolum naredi njihovo uništenje. Archer tada shvati da jedino oružje mogu uništiti iznutra i to koristeći Hoshi. Xindi podsjete Archera da su im se Aquaticsi pridružili samo zato što su obećali uništiti sfere. T'Pol ima plan za uništenje. Archer zajedno sa Reedom, Hoshi i skupinom MACOsa odlazi na Degrin brod koji je sposoban prestići oružje.
Dok se približavaju prema Zemlji, Reptiliani slave što će nakon istrebljenja čovječanstva postati dominantna Xindi vrsta. Xindi-Arboreal (Sloth) pokušava dekriptirati Degrine sheme oružja, no bez uspjeha. Tada shvate da je jedini način da uspiju dekriptirati sheme drogirana Hoshi. Uz određene napore Hoshi uspije pomoći u formuliranju plana, no Degrin brod ubrzo sustiže oružje. Daniels opet dolazi Archeru prikazujući mu osnutak Federacije te da to neće biti moguće ako on ode uništiti oružje te tako riskira pogibiju. No Archer ipak odluči uništiti oružje, ne slušajući Danielsa.
Nadomak Zemlje izlazi reptilianski brod sa oružjem te uništava znanstvenu stanicu. Dok se oružje priprema za lansiranje, Shr'anov brod izlazi iz warpa i javlja Archeru da će zadržavati reptilianski brod dok on ne dospije unutar oružja.
Dok Shr'an odvlači reptiliane od oružja, Archer i njegov tim dolaze u oružje te uspiju srediti reptiliane u oružju uz minimalne grupe. Shr'an koncentrira paljbu na jedan dio reptilianskog broda sve dok ovaj ne uspije probiti štitove. U zadnji trenutak prije uništenja, Dolum uspije se teleportirati u oružje. No pokrenuto je samouništenje oružja. Nakon domišljate taktike, Archer uz pomoć eksploziva raznese Doluma, no Degrin brod ga ne uspije teleportirati prije nego što oružje eksplodira. Zemlja je spašena. Degrin brod se vraća na određene koordinate gdje je